Flautist Marko Zupan ima raznoliku međunarodnu karijeru kao solist, komorni umjetnik, orkestralni svirač, improvizator, pedagog i aranžer.
Diplomirao je na Akademiji za glasbu u Ljubljani, Slovenija, u klasi prof. Matej Župan. Kasnije je ušao u klasu prof. Pierre-Yvesa Artauda na ENMP “Alfred Cortot” u Parizu kao i na Conservatoire National de Musique de Créteil “Marcel Dadi” da studira kod prof. Georgesa Alirola. Nakon stjecanja diplome Supérieur d’Enseignement i d’Exécution, stekao je i diplomu diplome Supérieur de Concertiste de Flûte.
Nakon boravka u Parizu usavršavao se kao postdiplomski student na “Mozarteumu” u Salzburgu u klasi proslavljene slovenske flautistice Irene Grafenauer. Osim toga, primio je važne glazbene impulse na majstorskim tečajevima kod renomiranih flautista kao što su Emmanuel Pahud, Peter-Lukas Graf, Michael-Martin Koffler, Felix Renggli i Sophie Cherier. Najznačajnije je da je imao priliku sudjelovati na posljednja tri majstorska tečaja legendarnog prof. Aurelea Nicoleta u Parizu, na Hvaru i Weimaru. Tijekom studija postao je pobjednik nekoliko slovenskih državnih natjecanja, kao i Međunarodnih glazbenih natjecanja u Trstu ( 2000., Italija), Picardie (2004., Francuska), Beograd (2005., Srbija) i Braunschweig (2011., Njemačka). Njegov rad kao glavnog flautista uključuje orkestre kao što su Berliner Symphoniker, Njemački nacionalni orkestar, Brandenburger Symphoniker, Filharmonia Sudecka, Philharmonisches Orchester des Staatstheaters Cottbus, Evian Festival Orchestra, Mozart Sinfonietta Salzburg, Neues Kammerorchester Potsdam, Philharmonie der Nationen i drugi. Godine 2010. počeo je predavati na Muzičkoj akademiji u Splitu, Hrvatska. Uvidjevši tamo nedostatak mogućnosti za orkestralno iskustvo, počeo je raditi na orkestralnim izvatcima za flautu u aranžmanima za kvartet flauta, koje je 2013. objavio u izdanju Svitzera u Kopenhagenu. Knjiga je postigla međunarodno priznanje.
U sklopu svojih pedagoških aktivnosti održava i majstorske tečajeve diljem Hrvatske, Bosne, Slovenije, Rumunjske i Japana. Od 2013. godine redovito predaje na Ljetnoj glazbenoj školi u Kaštelima, Hrvatska. Od 2018. održava i tečajeve na međunarodnim glazbenim majstorskim tečajevima “Ardea” (Bosna i Hercegovina) i Youngmasters Samobor International Young Musician's Summer Class (Hrvatska). Kao solist i komorni glazbenik nastupao je na brojnim festivalima kao što su: “Brücken” Festival für Neue Musik u Mecklenburg-Vorpommernu, Dani J.S. Bacha u Splitu – Hrvatska, Blackheath Series u Crkvi Uzašašća u Londonu, Escales Musicales Evian, Performing Arts Series u Kansasu – SAD, Nacht der Komponisten Salzburg, Festival Neue Musik Randspiele Zepernick, Brianza Classica i Les Couleurs de l'Europe festival u Alžiru. Posebno je značajna bila solo izvedba skladbe “This war” Eun-Ha Parka na 60 Years Hiroshima Peace Concert u Wiener Musikvereinu.
Njegove česte koncertne aktivnosti vodile su ga diljem Europe, SAD-a, Japana, Kine, Južne Koreje, Vijetnama i Alžir. Imao je priliku svirati u tako prestižnim dvoranama kao što su Berlinska filharmonija, Suntory Hall Tokyo, Wiener Musikverein, Konzerthaus Berlin, Slovenska filharmonija, Gasteig München, Hanoi Opera House, Shanghai Oriental Art Center, National Center of Performing Arts u Pekingu i Salernska opera House među ostalim. Objavio je nekoliko CD-a. Jedan s Triom Susak (flauta, saksofon, klavir) i drugi s flautistom Borisom Bizjakom i pijanisticom Yoko Misumi, predstavljajući glazbu za dvije flaute i klavir, snimljenu za londonsku diskografsku kuću Hedone records. Trenutačno je snimio 2 CD-a njemačke romantične glazbe za flautu sa svojom dugogodišnjom pijanisticom Minkom Popović-Ganev, kao i live CD s koncerta improvizacije s pijanisticom Tinom Mauko i harmonikašem Jureom Torijem. Radeći na proširenju repertoara flaute, on nije samo praizvodeći brojne skladbe, ponajviše iz mlađe generacije slovenskih skladatelja, ali također transkribira i aranžira klasična djela s drugih instrumenata za flautu.
Utemeljitelj je i umjetnički direktor Međunarodnog glazbenog festivala “Ursus” u Sloveniji.